Les restrictions de voyage dynamiques peuvent empêcher la dispersion rapide de nouvelles variantes de la COVID-19

Les résultats suggèrent que la réduction du nombre d’importations de virus pouvant déclencher des flambées épidémiques nationales dans un pays par le biais d’interdictions de voyager dynamiques donne aux gouvernements plus de temps pour se préparer à une nouvelle variante – en intensifiant les tests, la recherche des contacts et les programmes de vaccination.

La pandémie de COVID-19 a mis en évidence l’importance de l’épidémiologie génomique – c’est-à-dire le séquençage génétique d’échantillons de SRAS-CoV-2 provenant de différentes régions et époques – pour comprendre l’origine et le mouvement des variantes virales à l’échelle internationale, en particulier les variantes préoccupantes ou d’intérêt.Ces méthodes ont été largement utilisées au Royaume-Uni, aux États-Unis, au Brésil, en Nouvelle-Zélande et en Europe, et ont illustré la variation de la dynamique épidémique entre les pays qui ont adopté différentes approches de santé publique pour contenir le virus.

“Les analyses épidémiologiques génomiques à grande échelle du SRAS-CoV-2 au Canada se sont jusqu’à présent limitées à une étude sur l’épidémie précoce au Québec”, explique l’auteure principale Angela McLaughlin, assistante de recherche au Centre d’excellence sur le VIH/sida de la Colombie-Britannique et candidate au doctorat en bioinformatique à l’Université de la Colombie-Britannique, au Canada. “Nous voulions approfondir cette recherche avec une analyse à l’échelle nationale pour les première et deuxième vagues de COVID-19. Nous voulions également évaluer l’impact des restrictions de voyage international en mars 2020 sur les importations internationales du virus et comprendre pourquoi le virus a persisté jusqu’en 2021.

L’équipe a utilisé les données de séquence disponibles des cas canadiens de COVID-19 et les données sur la prévalence des variantes en circulation dans d’autres pays pour estimer les origines géographiques des virus.À partir de là, ils ont identifié plus de 2 260 introductions de nouvelles variantes au Canada, y compris 680 sous-lignées – des virus introduits d’autres pays qui ont ensuite circulé au sein de la population canadienne. Ils ont également identifié 1 582 singletons – des virus introduits qui ne semblaient pas se propager au sein de la population canadienne.

Tout comme les restrictions de voyage ont été introduites en avril 2020, le taux d’importation a atteint son maximum (58,5 sous-lignées par semaine), dont 31,8 en provenance des États-Unis et 31,2 en provenance du Québec uniquement. Deux semaines après l’entrée en vigueur des restrictions de voyage, le taux global d’importation de la sous-lignée avait été multiplié par 3,4 et, en quatre semaines, par 10,3.

Malgré ces réductions, cependant, de nouvelles variantes du virus ont continué d’être introduites à un faible niveau jusqu’en août 2020, date à laquelle il y a eu un léger pic de cas avant la deuxième vague. Cela suggère que les sous-lignées de type sauvage introduites en été, lorsque la prévalence et l’immunité étaient faibles, ont contribué à la proportion la plus élevée de cas de COVID-19 lors de la deuxième vague.À son tour, cela implique que même un faible niveau d’importations continues de virus de variantes transmissibles similaires peut contribuer à la persistance virale. À la mi-octobre, les restrictions de voyage ont été assouplies davantage, et les taux d’importation ont rebondi rapidement et ont contribué à la deuxième vague.

En classant les sources de transmission à l’intérieur de la province, entre la province, les États-Unis et d’autres sources internationales, l’équipe a pu voir d’où provenaient les nouvelles importations de virus. Ils ont constaté que la plupart des introductions de virus de la première vague (janvier à juillet 2020) provenaient des États-Unis, suivis de la Russie, de l’Italie, de l’Inde, de l’Espagne et du Royaume-Uni, et étaient principalement importées au Québec et en Ontario. Dans la deuxième vague (août 2020 à fin février 2021), l’origine des nouvelles sous-lignées était encore dominée par les États-Unis, avec des contributions relatives accrues de l’Inde, du Royaume-Uni, de l’Asie, de l’Europe et de l’Afrique.

Le fait que les États-Unis aient été un contributeur important aux cas de COVID-19 en 2020 n’était pas imprévu par les auteurs, compte tenu de leur forte prévalence de COVID-19 tout au long de 2020 et de la longue frontière terrestre partagée entre les deux pays.Même lorsque les arrivées internationales au Canada ont diminué de 77,8 % par rapport à , le nombre de camionneurs et de membres d’équipage (aériens, maritimes et ferroviaires) n’a diminué que de 24,8 % et représentait près de la moitié de toutes les arrivées internationales après avril 2020. Bien que des travailleurs clés essentiels soutiennent la chaîne d’approvisionnement, ces arrivées ont peut-être facilité par inadvertance des importations supplémentaires en provenance des États-Unis, ce qui suggère qu’il s’agit d’un domaine où de meilleures mesures de santé publique, telles que la recherche des contacts et les tests rapides, auraient pu aider à prévenir le mouvement de nouvelles variantes.

“Ces analyses mettent en lumière l’histoire épidémiologique naturelle du SRAS-CoV-2 dans le contexte des interventions de santé publique et montrent comment la surveillance génomique basée sur la sous-lignée peut être utilisée pour identifier les lacunes dans la réponse épidémique d’un pays”, conclut l’auteur principal Jeffrey Joy, chercheur scientifique au Centre d’excellence sur le VIH/sida de la Colombie-Britannique et professeur adjoint au Département de médecine. Université de la Colombie-Britannique. “Des restrictions larges et de longue date contre les voyages internationaux non essentiels ne sont pas nécessairement une politique recommandée à la lumière des impacts économiques.Cependant, notre analyse suggère que des interdictions de voyager rapides et strictes vers des localités abritant une fréquence élevée d’une nouvelle variante préoccupante, ou une épidémie d’un virus entièrement nouveau, non encore identifié au niveau national, devraient être sérieusement envisagées pour réduire la probabilité de semer plusieurs épidémies simultanées et de submerger les systèmes de santé.”

Source de l’histoire :

Matériaux fournis par eLife. Remarque : Le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.

Référence de la revue:

1. Angela McLaughlin, Vincent Montoya, Rachel L Miller, Gideon J Mordecai, Michael Worobey, Art FY Poon, Jeffrey B Joy. Épidémiologie génomique des deux premières vagues du SRAS-CoV-2 au Canada. eLife, 2022; 11 DOI: 10.7554/eLife.73896