Les greffes microbiennes fécales montrent un manque de prévisibilité lorsqu’aucun traitement antibiotique préalable n’est administré au receveur : Cette découverte suggère l’utilité des traitements avant les greffes microbiennes fécales pour réduire les communautés microbiennes du receveur. Cela aiderait les souches microbiennes du donneur à dominer chez le receveur

Cependant, des greffes microbiennes fécales ont également été administrées pour modifier le métabolisme d’un receveur afin de réduire l’obésité ou de modifier l’immunité pour lutter contre le cancer, et dans ces greffes, les receveurs ne reçoivent pas d’antibiotiques suppressifs pour éliminer la communauté microbienne avant la greffe.Dans ces cas, la communauté intestinale initiale après la greffe est un consortium de microbes donneurs et receveurs qui doivent rivaliser lorsque de nouvelles souches microbiennes sont introduites dans une communauté établie.

Les chercheurs de l’Université de l’Alabama à Birmingham rapportent maintenant dans la revue PLOS One qu’il y a un manque de prévisibilité pour les greffes microbiennes fécales pour changer la communauté microbienne intestinale pour correspondre à celle du donneur lorsqu’il n’y a pas de préconditionnement pour réduire la communauté microbienne receveuse. Cela contraste avec les greffes microbiennes fécales de C. difficile après une antibiothérapie suppressive, où une colonisation stable à long terme des souches de donneurs est observée jusqu’à deux ans après la greffe.

« La traduction pratique de notre analyse suggère l’utilisation de traitements de transplantation microbienne pré-fécale pour réduire les communautés microbiennes du receveur afin de faciliter une communauté microbienne intestinale dominée par la souche microbienne du donneur après une greffe microbienne fécale », ont déclaré les chercheurs de l’UAB Hyunmin Koo, Ph.D., et Casey Morrow, Ph.D. »En outre, l’échantillonnage longitudinal de patients individuels transplantés microbiens fécaux en combinaison avec l’analyse de suivi des souches pour surveiller l’état de la communauté microbienne post-transplantation microbienne fécale serait également important pour évaluer la stabilité et, en fin de compte, le succès de la greffe microbienne fécale. »

Koo et Morrow ont analysé le séquençage métagénomique publié par Davar et al. dans Science en 2021, en utilisant deux méthodes de suivi des souches établies, la méthode de suivi des souches WSS développée à l’UAB et l’outil de génomique des populations au niveau de la souche StrainPhlAn. WSS peut détecter si une souche de donneur ou de receveur d’une espèce particulière de microbes intestinaux est dominante après une greffe microbienne fécale, et StrainPhlAn fournit un arbre phylogénétique de microbes liés au donneur ou aux microbes liés au receveur.

Le groupe Davar a administré des greffes microbiennes fécales de patients ayant répondu à l’immunothérapie anti–1 pour le mélanome à des patients receveurs résistants à l’immunothérapie, car il avait été constaté que la composition du microbiote intestinal était en corrélation avec l’efficacité de la thérapie anti–1 chez des modèles animaux et des patients cancéreux.Six patients sur 15 en ont bénéficié.

Koo et Morrow ont analysé cinq greffes microbiennes fécales par le groupe Davar où la microflore receveuse a été échantillonnée plusieurs fois pendant 535 jours après la greffe microbienne fécale. Ces données métagénomiques publiées ont permis une analyse de suivi des souches de séries chronologiques.

Les chercheurs de l’UAB ont découvert que trois espèces bactériennes Alistipes et une espèce de Parabacteroides avaient toutes des modèles, une greffe microbienne post-fécale, de souches donneuses ou receveuses dominantes dans les fèces.

En revanche, Bacteroides uniformis et Bacteroides vulgatus ont montré une oscillation interindividuelle au fil du temps avec l’apparition d’une dominance fécale donneuse ou receveuse. Pour ajouter à la complexité, il y a eu quelques cas de souches dominantes des deux espèces de Bacteroides qui n’étaient liées ni aux souches donneuses ni aux souches recevatrices. En outre, une souche de Bacteroides vulgatus a montré un événement de recombinaison génétique possible entre les souches donneuse et receveuse.

« Les modèles oscillants complexes de l’apparition de souches fécales dominantes, receveuses ou non apparentées après une greffe microbienne fécale prolongée fournissent de nouvelles informations sur la dynamique des interactions de la communauté microbienne avec les receveurs après une greffe microbienne fécale », a déclaré Morrow. »Le résultat de notre analyse a des implications pour l’utilisation de la greffe microbienne fécale pour modifier de manière prévisible les fonctions biologiques de la communauté intestinale dans le métabolisme et l’immunité de l’hôte. »

Morrow est professeur émérite du département de biologie cellulaire, développementale et intégrative de l’UAB, et Koo est bioinformaticien au département de génétique de l’UAB. Les deux départements sont à la Marnix E. Heersink School of Medicine.

Source de l’histoire :

Matériaux fournis par Université de l’Alabama à Birmingham. Original écrit par Jeff Hansen. Remarque : Le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.

Référence de la revue:

1. Hyunmin Koo, Casey D.Matin. L’analyse de suivi des souches de séries chronologiques après la transplantation fécale permet d’identifier les profils spécifiques individuels du donneur fécal dominant, du receveur et des souches microbiennes non apparentées. PLOS ONE, 2022; 17 (9): e0274633 DOI: 10.1371/journal.pone.0274633